Az antibiotikum-kezelés negatív hatással lehet a bélflórára, abban az esetben is, ha nem széles spektrumú antibiotikummal történik a terápia. Nem szabad alábecsülni a jelentőségét annak, hogy csökken az intesztinális mikrobiom diverzitása, teljes mikrobiális közösségek tűnhetnek el, míg patogének (pl. Clostridioides difficile) nyerhetnek teret, illetve fennáll az antibiotikum-rezisztencia-gének terjedésének kockázata.

A kórházban szerzett Clostridioides difficile fertőzés (CDI) profilaxisa során lényeges különbséget tenni az alkalmazott probiotikus törzsek között. A S. boulardii CDI megelőzésében való alkalmazását szakmai irányelv és metaanalízisek is támogatják. Egy retrospektív kohorsz rámutatott arra is, hogy a S. boulardii melyik betegcsoportnál és milyen antibiotikum-terápia esetén kínál az átlagosnál magasabb profilaktikus védelmet.

A Clostridioides difficile fertőzések megelőzésére hatásos módszerekre van szükség; a transzmissziót csökkentő higiéniai szabályok betartása, a racionális antiobiotikum-alkalmazás és a páciensek immunrendszerének erősítése mellett.