A megelőzés fontos eleme az antibiotikumhasználat indikációjának pontos meghatározása, a széles spektrumú antibiotikumadás lehetőség szerinti kerülése, a panaszt okozó antibiotikum leváltása, illetve a bélflóra összetételét megőrizni hivatott probiotikumok alkalmazása.

Az antibiotikum rezisztencia folyamatos növekedése jelentős népegészségügyi problémát jelent világszerte a legújabb globális elemzés alapján. Ebben elsősorban az antibiotikumok indokolatlan alkalmazása játszik szerepet, de fontos tényező használatuk az állattenyésztésben, valamint olyan bakteriális probiotikumok alkalmazása, amelyek mobilis formában tartalmazzák az antibiotikum rezisztencia géneket. Ez utóbbi miatt indokolt a Saccharomyces boulardii használata, hiszen az gombaként nem ad át rezisztencia gént a patogén baktériumoknak.

A Saccharomyces boulardiit tartalmazó probiotikus készítmény a hasmenés kiegészítő kezelésének és megelőzésének hatásos módszere.

Ez év nyarán (2013) nyarán jelent meg a tekintélyes Lancet magazinban egy kettős vak, placebo kontrollált, multicentrikus vizsgálat, melyben 65 év feletti betegek antibiotikum kiváltotta hasmenéses tüneteit kezelték probiotikus készítménnyel.

Egy felnőtt ember emésztőcsatornáját átlagosan 400-500 baktériumfaj népesíti be, ez a bélflóra az ember szimbiotikus társa az egészségmegőrzésben.