Mennyire informatív a génszekvenálás pediátriai szolid tumorok esetében?
A genomszekvenálás választ ad sok olyan szülő kérdésére, akik évek óta keresik a gyermekük fejlődési zavarát megmagyarázó diagnózist. A szekvenálással azonban számos olyan információhoz is juthatunk, amelyek értelmezésére a tudomány még nem képes.
Az egyesült államokbeli Baylor College of Medicine és a Texas Children's Cancer Center kutatói kombinált teljes tumor- és csíravonal exom-szekvenálás révén a pediátriai rákos betegek 40 százaléka esetében olyan mutációkat tártak fel, amelyek segítenek megmagyarázni a tumor kialakulásának okát vagy ismeretük terápiás konzekvenciával járhat. A szekvenálás révén számos beteg esetében olyan mutációkra is fény derült, amelyeket korábban nem azonosítattak a diagnosztizált tumortípussal, ami az eredményekről beszámoló tanulmány egyik utolsó szerzője, Sharon Plon gyermekgyógyász professzor nyilatkozata szerint arra utal, hogy a szolid tumorral diagnosztizált gyermekek esetében széles körű szekvenálásra lehet szükség.
A JAMA Oncology című szaklapban megjelent tanulmány – Diagnostic Yield of Clinical Tumor and Germline Whole-Exome Sequencing for Children With Solid Tumors – része a Baylor College of Medicine 6,6 millió dolláros vizsgálatsorozatának, ami az USA Humán Genomkutató Intézete és Nemzeti Rákintézete finanszírozásában valósul meg, és célja a gyermekkori rákok szekvenálással történő tanulmányozása (Baylor College of Medicine Advancing Sequencing in Childhood Cancer Care; BASIC3).
A vizsgálatban részt vevő 150 beteg 10%-a esetében találtak olyan csíravonalbeli mutációt, amely a rákkialakulás magyarázatául szolgálhat, és számos olyan beteg is volt, akiben egyéb betegségre hajlamosító mutációkat fedeztek fel. Abetegek 3%-a esetében találtak olyan mutációkat, amelyek ismerete terápiás konzekvenciával jár (1-es kategória) és 24%-uk esetében került a szekvenálással megszerzett információ a potenciálisan hasznos kategóriába (2-es kategória; pl. tumorkiújulás esetén a terápiaválasztást befolyásoló információ). Az azonosított szomatikus mutációk kevesebb mint felét találták olyan génekben, amelyekről ismert volt, hogy mutációjuk szerepet játszhat az adott tumortípus esetében.
Williams Parsons és munkatársai elmondják: sokkal több féle mutációt találtak mind a tumorokban, mind a vérmintákban, mint amire számítottak, ráadásul jelentős számú beteg esetében olyan génekben, amelyeket egyébként eszükbe sem jutott volna szekvenálni, mivel nem volt ismert, hogy bármi közük lehet a gyermekkori rákok kialakulásához. Azaz, nyomatékosítják a kutatók, fókuszált genetikai tesztelés révén számos fontos információra nem derül fény.
A BASIC3 projekt célja, hogy a diagnózis felállítása idejében végzett teljes tumor- és csíravonal exom-szekvenálás révén nyert információkat hasznossá tegye a szolid tumoros rákbeteg gyermekek klinikai ellátása során, és a genomikai tesztelés és evaluálás protokolljainak kidolgozásán kívül feltárja a genomikai tesztelés kapcsán felmerülő etikai és társadalmi problémákat is. Feltárandó kérdés többek között, hogy melyek a klinikusok és a családok preferenciái a komplex genomikai eredmények kommunikációja során. A Laurence McCullough és munkatársai (Center for Medical Ethics and Health Policy at Baylor College of Medicine) által ez utóbbi témában végzett vizsgálatok eddigi eredményei tavaly év végén jelentek meg a Pediatrics című folyóiratban (Is Whole-Exome Sequencing an Ethically Disruptive Technology? Perspectives of Pediatric Oncologists and Parents of Pediatric Patients With Solid Tumors).
Mint a bioetikusok kifejtik, a genomszekvenálás nagy előnye, hogy választ ad sok olyan szülő kérdésére, akik évek óta keresik a gyermekük fejlődési zavarát megmagyarázó diagnózist. Még ha gyógyíthatatlannak bizonyul is az adott betegség, elképzelhető valami fajta kezelés, és vége szakad a folyamatos teszteléseknek. Az ilyen páciensek kb. 25%-a esetében a genomszekvenálás révén diagnózis születik, azonban a szekvenálással számos olyan információhoz is juthatunk, amelyek értelmezésére a tudomány még nem képes, így nincs értelme, hogy az ilyen információkat a klinikusok megosszák a családokkal, sőt esetenként a szekvenálás elvégzése is feleslegesnek bizonyulhat, mert több kérdést szül, mint amire választ ad (pl. ismeretlen szignifikanciájú génvariánsok kiszűrése).
