Webszerverrel a gének nyomában
Az ELTE kutatói új géneket keresnek extrém élőhelyeken a Genomics folyóiratban most nyilvánosságra hozott új eszközükkel.
Az ELTE PIT Bioinformatikai Csoportjának kutatói, Szalkai Balázs doktorjelölt és Grolmusz Vince professzor a Genomics folyóiratban most megjelent cikkükben hozták nyilvánosságra a MetaHMM nevű ingyenes eszközt, amely nagy metagenomokban képes adott funkciójú, még ismeretlen géneket azonosítani, a mesterséges intelligencia eszközeit használva.
A biotechnológia és az orvostudomány kutatói nagy elvárásokkal tanulmányozzák a környezeti és klinikai bakteriális és virális mintákban megtalálható új géneket. Óriási jelentőségük lehet az ilyen kutatásoknak: a szakértők ma úgy gondolják, hogy
jelenleg kevesebb, mint 1 százalékát ismerjük az összes mikroorganizmusnak,
így az ismeretlen baktériumokban és vírusokban található fehérjék, enzimek milliói rengeteg, még kiaknázatlan lehetőséget hordoznak magukban.
Az elmúlt néhány évben fejlődött ki például a „kék biotechnológia”, amely a tengerekben található lények fehérjéinek felhasználását kutatja. Ez azért is lehet érdekes, mert a tengerek mélyén uralkodó alacsony hőmérsékleten jóval hatékonyabb enzimekkel kell ugyanazokat a biokémiai reakciókat fenntartani, katalizálni, mint amilyenekre mondjuk az emberi testhőmérséleten van szükség. Ezek az enzimek jobbak, gyorsabbak és olcsóbbak lennének, mint a biotechnológiában jelenleg használatosak.
A klinikai és környezeti mintákban levő bakteriális és virális DNS szekvenálása, azaz a metagenom meghatározása ma már nem nehéz feladat. Az eljárás a mintában levő sok ezer organizmus apró darabokra szabdalt DNS-szakaszainak öszzetételét tudja meghatározni: az sem derül ki legtöbbször, hogy mely két DNS rövid szakasz tartozik egyazon élőlényhez. Az ilyen adathalmazokból nem lehet összeállítani a még ismeretlen organizmusok teljes DNS-ét, de sokkal rövidebb sorozatokat, az új géneket meg lehet határozni belőlük is.
A kutatók szerint az új eszköz biotechnológusoknak és az orvoskutatóknak segíthet új géneket és így új enzimeket és fehérjéket találni a környezeti és klinikai minták legszélesebb sprektrumán.
Az online eszköz ezen az oldalon érhető el.
