Rendkívüli adattömeg
2006. december 01. 00:00
Immungenomikai és immunomikai alapú gyógyítás
Oltóanyag-kutatás, tumorimmunológia, polimorfizmus-vizsgálatok – csak néhány a Budapesten 2004 után idén már második alkalommal megrendezett nemzetközi immungenomikai és immunomikai kongresszus legérdekesebb klinikai vonatkozású témái közül.
Az oltóanyag-kutatás az immungenomika és immunomika egyik legforróbb és sajnos igencsak aktuális területe. (E két fiatal tudományágról a Medical Tribune 22. számának 3. oldalán, a Falus Andrással készített interjúban is olvashatnak.) Fontosságát a bioterrorizmus jelentette veszély és az újonnan felbukkanó vagy világméretű fenyegetést okozó járványok adják. A genomikus technológiák alkalmazásával egy kisebb kórokozó genomjának meghatározása napokat, egy bonyolultabb, nagyobb vagy in vitro nehezen növekvő organizmus esetében pedig heteket vesz igénybe. Amennyiben ismert a genom szekvenciája, jósolni lehet a várhatóan epitopként viselkedő régiókat, és az oltóanyag kifejlesztésénél a kísérleti fázis lényegesen lerövidülhet. Ilyen stratégiák alkalmazásával kísérlik meg hatásos oltóanyag kifejlesztését a SARS (severe acute respiratory syndrome) szindrómát okozó koronavírus ellen, de alkalmazzák a madárinfluenza vonatkozásában is.
Az onkológia és tumorimmunológia vonatkozásában is ígéretes immungenomikai próbálkozásokról számoltak be. Az új technológiák használatával a genom ismeretében – az úgynevezett onkocsip segítségével – össze lehet hasonlítani különféle daganatok genetikai „ujjlenyomatát”. Meg lehet például állapítani, hogy melyek azok a gének vagy kombinációk, amelyekben egy metasztatizáló és nem metasztatizáló daganat különbözik. Ilyen mintázatokat sikeresen azonosítottak emlőrák és melanóma vonatkozásában. Ez lehetőséget nyújt arra, hogy ne kelljen – a mai költségek mellett irracionálisan drágán – meghatározni egy adott daganat teljes genetikai „ujjlenyomatát”, ha meg szeretnénk mondani, hogy várhatóan milyen prognosztikai csoportba tartozik, hanem elegendő arra a néhány kiválasztott génre fokuszálni, amelyek a fenotípus- eltéréseket jelzik. Hasonló elven ki lehet dolgozni eljárásokat a várható gyógyszer-rezisztencia jelzésére is. Magyarországon prof. dr. Tímár József vezetésével folynak ezzel kapcsolatos kutatások az Országos Onkológiai Intézetben.
A nagy felbontású genomanalízis- és polimorfizmus-vizsgálatok egyik legfontosabb és igen közeli gyakorlati következményekkel járó eredményét Stefan Beck jelentette be. Elvégezték Nagy-Britanniában a 6-os kromoszóma MHC (major histocompatibility complex) régióinak nagy felbontású genomtérképezését egy ismert MHC-haplotípusú véradó-populációban. Ebben a régióban a genomban 18 414 polimorfizmus (single nucleotid polymorphism, SNP) fordul elő, melyeket szekvenálással azonosítottak. Ezek között sikeresen megtalálták és publikálták (Nat Genet 2006;38: 1166–72) az egyes MHC allotípusokkal egyértelmű kapcsolatot mutató, úgynevezett tag-SNP-ket. Ez a nyilvános adatbázis nagymértékben segítheti és könnyítheti a betegellátást és kutatást. Az adatbázisban jelenleg a populációszinten 5 százalékosnál nagyobb gyakorisággal előforduló allélek és a velük kapcsolatban álló tag-SNP találhatók. Bizonyos egyszerű kérdésekben a továbbiakban nem lesz szükség a teljes MHC haplotípus igen munkaigényes és drága meghatározására, hanem egy tucat megfelelően kiválasztott polimorfizmus egyszerű és olcsó vizsgálatával meg lehet mondani, hogy az adott beteg hordoz-e egy betegségre fogékonyságot jelentő allélt vagy sem. A tag-SNP nyújtotta allotípus-predikciókat sikeresen verifikálták ismert kapcsoltságot mutató allélek jelzésére szisztémás lupusz eritematózus, cöliákia és pszoriázis esetében.
Magyarországon is elindultak a genomikus szemléletű kutatások és megjelent az ezzel kapcsolatos technológiai igény a kutatók körében. Prof. dr. Falus András akadémikus intézetében Budapesten is megnyílt a szolgáltatói jelleggel is működő csiplaboratórium (ilyen korábban csak Debrecenben és Szegeden volt).
A konferencia általános következtetéseként azonban azt meg kell állapítani, hogy jelenleg csak nagyon nehezen és kevesek számára dolgozható fel az a rendkívüli adattömeg, amit a genomikus kísérletek során eredményként a kutatók kapnak. Az interpretáció vonatkozásában is alapvetően új szemléletre lesz szükség. Ezek alapján a jövő fontos kutatási iránya lesznek a bioinformatika és az adatelemzés fejlesztése.
Oltóanyag-kutatás, tumorimmunológia, polimorfizmus-vizsgálatok – csak néhány a Budapesten 2004 után idén már második alkalommal megrendezett nemzetközi immungenomikai és immunomikai kongresszus legérdekesebb klinikai vonatkozású témái közül.
Az oltóanyag-kutatás az immungenomika és immunomika egyik legforróbb és sajnos igencsak aktuális területe. (E két fiatal tudományágról a Medical Tribune 22. számának 3. oldalán, a Falus Andrással készített interjúban is olvashatnak.) Fontosságát a bioterrorizmus jelentette veszély és az újonnan felbukkanó vagy világméretű fenyegetést okozó járványok adják. A genomikus technológiák alkalmazásával egy kisebb kórokozó genomjának meghatározása napokat, egy bonyolultabb, nagyobb vagy in vitro nehezen növekvő organizmus esetében pedig heteket vesz igénybe. Amennyiben ismert a genom szekvenciája, jósolni lehet a várhatóan epitopként viselkedő régiókat, és az oltóanyag kifejlesztésénél a kísérleti fázis lényegesen lerövidülhet. Ilyen stratégiák alkalmazásával kísérlik meg hatásos oltóanyag kifejlesztését a SARS (severe acute respiratory syndrome) szindrómát okozó koronavírus ellen, de alkalmazzák a madárinfluenza vonatkozásában is.
Az onkológia és tumorimmunológia vonatkozásában is ígéretes immungenomikai próbálkozásokról számoltak be. Az új technológiák használatával a genom ismeretében – az úgynevezett onkocsip segítségével – össze lehet hasonlítani különféle daganatok genetikai „ujjlenyomatát”. Meg lehet például állapítani, hogy melyek azok a gének vagy kombinációk, amelyekben egy metasztatizáló és nem metasztatizáló daganat különbözik. Ilyen mintázatokat sikeresen azonosítottak emlőrák és melanóma vonatkozásában. Ez lehetőséget nyújt arra, hogy ne kelljen – a mai költségek mellett irracionálisan drágán – meghatározni egy adott daganat teljes genetikai „ujjlenyomatát”, ha meg szeretnénk mondani, hogy várhatóan milyen prognosztikai csoportba tartozik, hanem elegendő arra a néhány kiválasztott génre fokuszálni, amelyek a fenotípus- eltéréseket jelzik. Hasonló elven ki lehet dolgozni eljárásokat a várható gyógyszer-rezisztencia jelzésére is. Magyarországon prof. dr. Tímár József vezetésével folynak ezzel kapcsolatos kutatások az Országos Onkológiai Intézetben.
A nagy felbontású genomanalízis- és polimorfizmus-vizsgálatok egyik legfontosabb és igen közeli gyakorlati következményekkel járó eredményét Stefan Beck jelentette be. Elvégezték Nagy-Britanniában a 6-os kromoszóma MHC (major histocompatibility complex) régióinak nagy felbontású genomtérképezését egy ismert MHC-haplotípusú véradó-populációban. Ebben a régióban a genomban 18 414 polimorfizmus (single nucleotid polymorphism, SNP) fordul elő, melyeket szekvenálással azonosítottak. Ezek között sikeresen megtalálták és publikálták (Nat Genet 2006;38: 1166–72) az egyes MHC allotípusokkal egyértelmű kapcsolatot mutató, úgynevezett tag-SNP-ket. Ez a nyilvános adatbázis nagymértékben segítheti és könnyítheti a betegellátást és kutatást. Az adatbázisban jelenleg a populációszinten 5 százalékosnál nagyobb gyakorisággal előforduló allélek és a velük kapcsolatban álló tag-SNP találhatók. Bizonyos egyszerű kérdésekben a továbbiakban nem lesz szükség a teljes MHC haplotípus igen munkaigényes és drága meghatározására, hanem egy tucat megfelelően kiválasztott polimorfizmus egyszerű és olcsó vizsgálatával meg lehet mondani, hogy az adott beteg hordoz-e egy betegségre fogékonyságot jelentő allélt vagy sem. A tag-SNP nyújtotta allotípus-predikciókat sikeresen verifikálták ismert kapcsoltságot mutató allélek jelzésére szisztémás lupusz eritematózus, cöliákia és pszoriázis esetében.
Magyarországon is elindultak a genomikus szemléletű kutatások és megjelent az ezzel kapcsolatos technológiai igény a kutatók körében. Prof. dr. Falus András akadémikus intézetében Budapesten is megnyílt a szolgáltatói jelleggel is működő csiplaboratórium (ilyen korábban csak Debrecenben és Szegeden volt).
A konferencia általános következtetéseként azonban azt meg kell állapítani, hogy jelenleg csak nagyon nehezen és kevesek számára dolgozható fel az a rendkívüli adattömeg, amit a genomikus kísérletek során eredményként a kutatók kapnak. Az interpretáció vonatkozásában is alapvetően új szemléletre lesz szükség. Ezek alapján a jövő fontos kutatási iránya lesznek a bioinformatika és az adatelemzés fejlesztése.
A teljes cikket csak regisztrált felhasználóink olvashatják. Kérjük jelentkezzen be az oldalra vagy regisztráljon!
