Egysejt-szinten vizsgálható a baktériumfertőzések és a CRC kapcsolata
Baktériumfertőzések sejtszintű vizsgálatára fejlesztettek új, gépi tanuláson alapuló módszert a Szegedi Biológiai Kutatóközpont (SZBK) munkatársai a Magyar Molekuláris Medicina Kiválósági Központ (HCEMM) szakembereivel együttműködve - tájékoztatott a Magyar Kutatási Hálózathoz (HUN-REN) tartozó intézet.
A baktériumok behatolása és szaporodása a gazdasejtekben, valamint az általuk okozott DNS-károsodás kulcsfontosságú tényezők a fertőző betegségek előrehaladásában, illetve egyes daganatos betegségek kialakulásban. A jelenlegi módszerek azonban nem teszik lehetővé e folyamatok szisztematikus, egysejt-szintű értékelését, ami korlátozza annak vizsgálatát, hogy a baktériumtörzsek közötti kölcsönhatások, illetve a gyógyszeres kezelések miként alakítják a kórokozók fertőzőképességét.
A kutatók által kidolgozott MALVINA (Machine Learning-Based Virulence Interaction Analysis) rendszer megmutatja, hogyan jutnak be a baktériumok az emberi sejtekbe, milyen károsodást okoznak, és miként változik a viselkedésük más baktériumok vagy gyógyszerek jelenlétében.
A kutatók emberi vastagbél-hámsejtek tenyészeteit fertőzték meg négyféle fluoreszcens jelölésű E. coli baktériumtörzzsel. Volt köztük ártalmatlan laboratóriumi törzs, betegségekhez társított, a sejtekbe hatékonyan bejutó törzs, valamint olyan is, amely DNS-károsító toxint termel. A számítógépes rendszer a betanítást követően több mint 1,3 millió sejtet vizsgált meg egyedileg, és 86 százalékos pontossággal különítette el a fertőzött és nem fertőzött sejteket.
A közlemény idézte Bognár Bencét, az eljárást a Nature Communications folyóiratban bemutató tanulmány egyik első szerzőjét, aki kifejtette, a módszer egyik ereje, hogy sejtről sejtre látják a fertőzés részleteit. Meg tudják különböztetni, hogy sok sejtbe jut be kevés baktérium, vagy néhány sejtben halmozódik fel nagy mennyiség, és közben azt is megfigyelhető, milyen károsodást okoznak.
A korábbi módszerek sokszor külön vizsgálták, hogy egy baktérium milyen hatékonyan jut be a sejtekbe, és milyen választ vagy károsodást vált ki bennük. A MALVINA ezeket a folyamatokat egyedi sejtek szintjén kapcsolja össze. Ha pedig a baktériumtörzs genetikai háttere is ismert, a megfigyelt viselkedés a genetikai eltérésekkel is összeköthető.
A tanulmányt szintén első szerzőként jegyző Kovács Terézia hangsúlyozta, módszerük alkalmas arra is, hogy számszerűsítse egyes gazdasejtek eltérő viselkedését is ugyanazon baktériumtörzs mellett.
A fertőzéshez használt kórokozók közül kitűnt egy vastagbél-daganatos mintából izolált, rákos folyamatokkal összefüggésbe hozható baktériumtörzs: ez hatékonyan bejutott az emberi sejtekbe, ott felhalmozódott, és közben DNS-károsodást is okozott.
Juhász Szilvia, a HCEMM Rák Mikrobiom Csoport vezetője, a tanulmány megosztott utolsó szerzője közölte, az hogy egyszerre képesek meghatározni, mennyi baktérium jutott be és milyen károsodást szenvedett a gazdasejt, sokkal pontosabb képet ad a fertőzés következményeiről.
A vizsgálatsorozat következő lépéseként a szakemberek azt elemezték, hogyan változik egy baktériumtörzs viselkedése, ha egy másik törzzsel együtt kerül az emberi sejtekre. A kutatók kísérletileg is igazolták, egy baktérium veszélyességét az is befolyásolhatja, milyen más mikrobák veszik körül.
A kísérletek során vizsgálták 23 gyógyszer - köztük antibiotikumok - hatását is két invazív baktériumtörzsre. Elemezték azt, milyen arányban pusztítják el a gyógyszerek a kórokozókat, illetve hogyan változik a megmaradók viselkedése a kezelés után.
Az eljárás a gyógyszerfejlesztésben különösen fontos lehet: a MALVINA megmutathatja, ha egy baktérium jelenléte felerősíti egy gyógyszer emberi sejtekre gyakorolt toxicitását, de azt is, ha egy kezelés nemcsak elpusztítja a baktériumokat, hanem csökkenti azok sejtkárosító hatását is. Így olyan hatások is láthatóvá válhatnak, amelyek a baktériumokat vagy az emberi sejteket külön vizsgálva rejtve maradnának.
A szabadalmi eljárás alatt lévő módszerről Lázár Viktória, a HUN-REN SZBK Lendület Antibiotikum Hatások Rendszerbiológiája Kutatócsoport vezetője, a tanulmány megosztott utolsó szerzője elmondta, a MALVINA a jövőben segíthet a különösen veszélyes baktériumtörzsek korai felismerésében, gyógyszerjelöltek gyors szűrésében, illetve olyan probiotikus baktériumok azonosításában, amelyek képesek csökkenteni egy kórokozó virulenciáját.
A szerzők szerint a jövőben - a szöveteket, szerveket reprezentáló - organoidmodellek és élősejtes képalkotási technikák alkalmazásával a rendszer továbbfejleszthető.
A rendszer működéséhez kulcsfontosságú volt az automatizált képelemzés is. Bognár Bence a Kooperatív Doktori Program ösztöndíjasaként Horváth Péterrel és a Single-Cell Technologies munkatársaival együttműködve dolgozott a képelemzési és gépi tanulási megközelítések alkalmazásán.
