Az antibiotikum-kezelés negatív hatással lehet a bélflórára, abban az esetben is, ha nem széles spektrumú antibiotikummal történik a terápia. Nem szabad alábecsülni a jelentőségét annak, hogy csökken az intesztinális mikrobiom diverzitása, teljes mikrobiális közösségek tűnhetnek el, míg patogének (pl. Clostridioides difficile) nyerhetnek teret, illetve fennáll az antibiotikum-rezisztencia-gének terjedésének kockázata.
A Clostridioides difficile fertőzések megelőzésére hatásos módszerekre van szükség; a transzmissziót csökkentő higiéniai szabályok betartása, a racionális antiobiotikum-alkalmazás és a páciensek immunrendszerének erősítése mellett.
A nemzetközi szakértői testület felhívja a figyelmet a prevencióra és az időben történő, megfelelően felállított diagnózis jelentőségére, illetve kijelöli a kezelési stratégia új szempontjait.
A Cell Host & Microbe folyóiratban megjelent cikkben egy szisztematikus irodalmi áttekintést készítettek arról, hogy a bélmikrobiom pontosan milyen szerepet tölt be a 2-es típusú cukorbetegség kialakulásában.
A megelőzés fontos eleme az antibiotikumhasználat indikációjának pontos meghatározása, a széles spektrumú antibiotikumadás lehetőség szerinti kerülése, a panaszt okozó antibiotikum leváltása, illetve a bélflóra összetételét megőrizni hivatott probiotikumok alkalmazása.
A bél mikroflórájának felborulása (diszbiózis) számos betegség okozója és következménye is lehet. A felnőttkorra jellemző mikroflóra-struktúra 2 éves életkorra alakul ki. Ezt a folyamatot az első 1000 napban érő ártalmak jelentős mértékben képesek károsítani, mint a terhesség, a szülés lefolyása és a csecsemő táplálása.
Régen ismert, hogy a nem megfelelő táplálkozás károsítja az idegrendszer fejlődését. A múlt század közepén fedezték fel phenylketonuriás gyermekeknél, hogy a nem megfelelő táplálás következtében szellemii károsodás alakul ki. Ismert, hogy az alultápláltság, a vashiány esetén károsodik a mentális fejlődés. A táplálkozás és a mentális funkciók közötti kapcsolat lehetősége közismert.