Az intesztinális mikrobióta összetétele befolyásolja a bélrendszer krónikus betegségei iránti fogékonyságot, de olyan betegségek kialakulására is hatással lehet, mint a diabétesz.
Egyes telített zsírok, amelyek gyakran használatosak a nyugati típusú étrendben, megváltoztathatják az emésztőrendszer baktériumflóráját, és gyulladásos bélbetegségeket válthatnak ki az erre érzékeny emberekben.