Számos kórkép és többféle gyógyszeres kezelés társulhat másodlagos immundeficiens állapottal, és a klinikai gyakorlatban egyre gyakrabban fordulnak elő ilyen szituációk.

Azokban az esetekben, amikor a rákellenes terápia hatékony működéséhez szükség van a bélben élő mikroorganizmusok által aktivált T sejtekre, az antibiotikus kezelés ronthatja a rákellenes kezelés hatékonyságát.